JMol es una aplicación multiplataforma desarrollada en Java que permite obtener una visión tridimensional de una estructura química. Los átomos que componen los compuestos pueden observarse prácticamente desde cualquier ángulo.
Jmol se compone principalmente de una herramienta de escritorio (Jmol) y de un complemento para el navegador web (JmolApplet) que permite explorar las estructuras moleculares alojadas en cualquier página.
Jmol incluye además su propia utilidad para generar una página web a partir de un archivo compatible con el programa y permite añadir algunos detalles a la vista 3D de las estructuras, entre ellos: mediciones entre átomos o el símbolo, el número y el nombre del elemento químico al que representan.
Animaciones y vibraciones son dos operaciones que puede llevar a cabo Jmol sobre las estructuras moleculares. Los formatos de archivo que puede generar el programa como salida son los siguientes: JPG, PNG, PPM, PDF y PovRay.
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